Libmol

Publié le 18 août 2021

Présentation de Libmol

Libmol est un logiciel libre de visualisation moléculaire libre et gratuit. développé initialement par Gilles Arquetout (académie de Rouen). Il permet de manipuler des molécules en 3D à partir de fichiers de structures (souvent au format .pdb), utilisés en biochimie et en biologie moléculaire.

Il est disponible en version portable pour Windows, mais fonctionne aussi sous Linux avec Wine. Il est simple, léger et gratuit, ce qui en fait un excellent outil pour une utilisation en classe.

Intérêts pédagogiques en SVT

Objectif pédagogique	Utilisation possible avec Libmol
Comprendre la structure des biomolécules	Visualisation de l’ADN, des protéines, des lipides, etc. en 3D pour illustrer leur architecture spatiale.
Faire le lien structure/fonction	Observation de sites actifs enzymatiques, chaînes latérales d’acides aminés, hélices α et feuillets β.
Travailler la modélisation scientifique	Manipulation virtuelle de molécules pour faire découvrir les concepts de niveaux d’organisation (atome → molécule → cellule).
Favoriser l’interactivité et l’autonomie	Les élèves peuvent manipuler les molécules eux-mêmes : rotation, zoom, choix des représentations (bâtonnets, sphères, rubans…).
Enrichir les séances de TP ou d’AP	Activités guidées pour décrire les structures, annoter des schémas ou répondre à des questions d’analyse.

💡 Exemples d’activités en classe

Seconde : visualiser la double hélice de l’ADN pour introduire la notion de molécule support de l’information génétique.
Première spé : analyser la structure de l’hémoglobine pour faire le lien entre gène, protéine et phénotype.
Terminale spé / STL : comparer des protéines normales et mutées (ex. insuline ou CFTR dans la mucoviscidose) pour aborder les mutations et leurs effets structuraux.